Am 20. Januar 1999 war der symbolische Spatenstich für den Gesamtbetrieb. Danach begann der Bau der Fruktifikation, hier findet die vierte Phase der Produktion statt.
Im November 1999 wurde der Bauabschnitt fertiggestellt. Die Produktion lief nun mit fünf Zuchträumen und einer durchschnittlichen Wochenkapazität von 1800 Kisten.
Im Dezember 1999 begann der Bau des Tunnelkomplexes. Hier finden die Phasen zwei und drei der Produktion statt.
Im August 2000 wurde der Tunnelkomplex fertiggestellt. Dieser enthielt 17 Tunnel und die Produktion stieg dadurch auf eine Kapazität von 800 Tonnen durchwachsenes Substrat pro Woche an.
Im September 2000 begann der Bau der Indooranlage. Hier findet die erste Phase der Produktion statt.
Im April 2001 startete die Produktion in der Indooranlge. Nun wurden 2300 Tonnen Frischsubstrat pro Woche in unserer Produktion hergestellt
Der Pilzhof Wallhausen erhält das Zertifikat für das geprüfte Qualitätsmanagementsystem – Erweiterung ab September 2002
Im August 2003 wurde der Tunnelkomplex um sechs Tunnel, auf nun 23 Tunnel, erweitert. Die Kapazität lag nun bei 1000 Tonnen durchwachsenes Substrat pro Woche.
Im September 2003 wurde die Fruktifikation um vier weitere Zuchträume und eine große Dampfzelle erweitert. Die durchschnittliche Wochenkapazität betrug nun 2520 Kisten.
2008 wurde der Tunnelkomplex um sechs Tunnel, auf nun 29 Tunnel, erweitert. Die Kapazität lag nun bei 1250 Tonnen durchwachsenes Substrat pro Woche.
Die Pilzhof Pilzsubstrat GmbH wurde im Jahr 2012 bereits zum 2. mal für den „Großen Preis des Mittelstandes“ der Oskar-Patzelt-Stiftung aus Leipzig ausgezeichnet. Pilzhof Geschäftsführer Michael Schattenberg ist stolz auf diese Auszeichnung: „…doch ohne unsere engagierten Mitarbeiter wäre das alles gar nicht möglich gewesen.“
2015 wurde die Fruktifikation um einen weiteren Zuchtraum und zwei Dampfzellen erweitert. Die durchschnittliche Wochenkapazität stieg dadurch auf 3132 Kisten pro Woche.
Im Dezember 2016 wurde eine der beiden Dampfzellen zu einem Zuchtraum umgebaut, die Kapazität lag nun im Durchschnitt bei 3512 Kisten pro Woche
Der Pilzhof Wallhausen hat folgende Zertifikate: